Jednak w roku 1997, dokładnie 50 lat od wydarzeń w Roswell, z całego świata zaczynają napływać informacje o zaobserwowanych NOL. Początkowo stają się pożywką dla wszystkich tabloidów, jednak z czasem alarmujące zdjęcia i nagłówki zaczynają pojawiać się w najbardziej poważnych dziennikach.
W ciągu roku liczba NOL wzrasta wręcz lawinowo. Mimo podjętych przez naukowców prób nawiązania kontaktu z przybyszami, nie reagują oni na żadną jego formę. Mnożą się przypadki porwań ludzi, problem dotyka nawet największych metropolii. Na całym świecie wojsko zostaje postawione w stan najwyższej gotowości. Japończycy powołują nawet specjalną jednostkę Kiryu-Kai, wyposażoną w najnowocześniejszy sprzęt, mającą przechwytywać statki obcych. Niestety, mimo podjęcia wielu niezwykle kosztownych prób, nie udaje się to ani razu i pod koniec roku podjęta zostaje decyzja o jej rozwiązaniu. Nie próżnuje natomiast Organizacja Narodów Zjednoczonych. 11 grudnia 1998 roku Rada Bezpieczeństwa zbiera się na specjalnej sesji w Genewie, gdzie podczas burzliwych obrad zapada ostateczna decyzja o utworzeniu sił specjalnych do walki z obcymi. W ten oto sposób faktem staje się istnienie jednostki X-COM, czyli Extraterrestrial Combat Unit. Bardzo szybko powstaje pierwsza, tajna baza, a jednostka zostaje wyposażona w dwa myśliwce przechwytujące oraz statek transportowy Skyranger. Choć te początki wydają się być niezwykle skromne, w ciągu kilku miesięcy, dzięki doskonałemu systemowi skanującemu, udaje się wykryć kolejne statki obcych, które następnie padają ofiarami grupy przechwytującej. Do zestrzelonych NOL natychmiast wysyłani są żołnierze X-COM, starający się odzyskać z nich jak najwięcej artefaktów oraz ciała samych najeźdźców. Te trafiają bezzwłocznie do laboratoriów w bazie X-COM, gdzie pracują nad nimi najwięksi i najbardziej utytułowani ziemscy naukowcy. Na podstawie odnalezionych przedmiotów starają się oni zrekonstruować technologie obcych, aby móc je wykorzystywać przeciwko samym konstruktorom. Sekcje zwłok pozwalają natomiast lepiej poznać przeciwnika, jego mocne i słabe punkty oraz opracować najbardziej efektywne metody walki. Problemem stają się jednak pieniądze. X-COM jest finansowany przez ONZ, ale szybko zaczyna brakować środków na dalszy rozwój, w związku z czym organizacja zwraca się do państw całego świata o wsparcie finansowe dla kampanii przeciwko obcym. Kraje będące w zasięgu skanerów bardzo chętnie godzą się na taką pomoc, dalszy rozwój jednostki zależy jednak od funduszy państw pozostających poza zabezpieczonym kręgiem. Dlatego też zasięg działania skanerów zostaje znacznie powiększony, a dowództwo zaczyna szukać miejsc na nowe bazy. Najwyższa na to pora, gdyż działania obcych przybierają na sile – ich statki zaczynają otwarcie lądować w największych metropoliach świata i terroryzować ich populacje. Jednak szybko liczba porwań zaczyna spadać, lecz nie jest to wynikiem mniejszej intensyfikacji działań obcych – teraz ich celem zaczyna być eksterminacja ludzkości. Z czasem zaczyna być jasne, że obcy dzielą się przynajmniej na kilka różnych gatunków, a cała dotychczasowa ich aktywność była jedynie przygotowaniem do wojny. Dzięki rozbudowie sieci baz w działalność zaangażowana jest coraz większa liczba państw, a sytuacja finansowa X-COM po raz pierwszy zaczyna się stabilizować. Dowództwo decyduje się jednak na dość ryzykowny krok – w celu uzyskania dodatkowego zabezpieczenia część nowych technologii i informacji zostaje sprzedana różnym organizacjom. Większość wiedzy i odkryć zebrana zostaje w tak zwanej UFOpedii, czyli wielkiej bazie danych, do której dostęp mają pracownicy naukowi w każdej z baz jednostki. Na podstawie wyników badań w 2000 roku powstają pierwsze bronie i elementy wyposażenia oparte na technologiach obcych. Natychmiast trafiają one do jednostek liniowych X-COM oraz agentur organizacji rozsianych teraz po całym świecie. Wojna wkracza w nową fazę. W 2001 roku jednostki zwiadowcze donoszą o obecności na Ziemi ukrytych baz najeźdźców. Natychmiast zostaje podjęta decyzja o wysłaniu tam silnych grup uderzeniowych. Kolejne bazy zostają zlokalizowane i spenetrowane, dzięki czemu naukowcy otrzymują mnóstwo nowego materiału do badań. Niestety, przypomina to nieco walkę z wiatrakami – w miejsce każdej zniszczonej placówki powstaje niemalże natychmiast nowa. Na szczęście, dzięki zdobytym materiałom badaczom udaje się uzyskać coraz więcej informacji nie tylko na temat pozaziemskiej technologii, ale również kultury i społeczności najeźdźców. Prowadzi to między innymi do uzyskania informacji na temat przypuszczalnego położenia głównej bazy obcych. Potrzebne są jednak dowody potwierdzające te teorie, w związku z czym kilka grup żołnierzy X-COM wysłanych zostaje z trudną misją pojmania żywcem przywódców obcej rasy. Zadanie kończy się sukcesem, a schwytani obcy poddani zostają drobiazgowym przesłuchaniom i badaniom. Z uzyskanych informacji wynika, że ich główna siedziba znajduje się relatywnie blisko, na Marsie, w regionie zwanym Cydonią. Niemalże natychmiast – w myśl zasady, że najlepszą obroną jest atak - zostaje podjęta decyzja o rozpoczęciu działań ofensywnych. Podczas gdy inżynierowie opracowują nowy model statku Avengera, który zdolny jest do podróży międzyplanetarnych, trwają zakrojone na szeroką skalę przygotowania do inwazji. Cała produkcja przestawiona zostaje na potrzeby nowej operacji, wybierani są najlepsi żołnierze niecierpliwie odliczający czas do ukończenia statku. Odpowiedź Desant złożony z doborowych jednostek wyposażonych w najnowocześniejszy sprzęt, oparty często na zdobycznych technologiach, ląduje na Marsie. Rozpoczyna się krwawa i niezwykle trudna walka, tym razem jednak polem bitwy po raz pierwszy od lat nie jest zmęczona i wyniszczona wojną Ziemia. Obcy stawiają zaciekły opór, są doskonale zorganizowani i zdyscyplinowani. Okazuje się jednak, że za ich działaniami tak naprawdę stoi tylko jedna istota, będąca jednocześnie animatorem i koordynatorem wszystkich akcji – Mózg. Staje się jasnym, że dopiero jego wyeliminowanie może w jakikolwiek sposób powstrzymać fanatyczny opór przeciwnika. Teoria ta szybko się potwierdza – wyeliminowanie Mózgu znacznie osłabia wolę walki pozostałych obcych, zarówno tych w marsjańskiej bazie, jak i ich pobratymców pozostałych na Ziemi. Rozprawienie się z niedobitkami jest już tylko kwestią godzin. Kiedy wojna wydaje się już być zakończona, nagle pojawia się nieznany sygnał wysłany z marsjańskiej bazy w kierunku Ziemi. Naukowcy rozszyfrowują wiadomość, która okazuje się być skierowanym do ziemskich baz wezwaniem o posiłki. Na to jednak za późno – wszystkie placówki obcych na niebieskiej planecie zostały już zniszczone i zajęte przez siły X-COM. Z tego też względu informacja o sygnale zostaje zignorowana i szybko zapomniana. Ziemia świętuje hucznie wyzwolenie spod jarzma obcych najeźdźców, a świat dowiaduje się o wielkiej roli, jaką odegrały w tym całym zamieszaniu jednostki X-COM. Nie ma teraz państwa, które odmówiłoby im swej gościny i wsparcia finansowego czy surowcowego. Choć wojna została wygrana, dowództwo X-COM nie spoczęło na laurach. Wciąż pozostawało do odnalezienia całe mnóstwo statków obcych, zestrzelonych nad pokrywającymi większość obszaru planety morzami i oceanami. Powstają w tym celu specjalne bazy, z których wyruszają na poszukiwania liczne ekipy. Głównym celem nie jest już jednak technologia – w tej dziedzinie wydaje się, że wiedza ludzkości osiągnęła pułap niemalże równy obcym – lecz Elerium, główne źródło energetyczne wszelkich technologii przybyszów. Zwane również Elementem 115, Elerium jest pierwiastkiem, który nie występuje na Ziemi nawet w ilościach śladowych. Co więcej - mimo usilnych prób nie da się go również stworzyć w sposób syntetyczny. Jego wyjątkowo unikalna budowa sprawia jednak, że przy zastosowaniu odpowiedniej technologii poznanej dzięki obcym, można z niego wyzwolić ilości energii nieporównywalne z jakimkolwiek innym źródłem.Rozpoczynają się zakrojone na szeroką skalę poszukiwania wraków NOL. Życie na Ziemi zaczyna zaś powoli wracać do ustalonego rytmu. Nikt nie wie, że za niecałe czterdzieści lat to właśnie z oceanów nadejdzie kolejna fala terroru...