id Software mówi: Niespodzianka!
Zanim jednak zespół Ion Storm zapoznał się z nowym engine’em, trwały dalsze prace nad produkcją gry w oparciu o stary silnik. Przy założeniu, że po uzyskaniu kodu źródłowego wystarczy zapewne kilka tygodni, aby dokonać konwersji, miało to oczywiście sens. Problem w tym, że już wtedy dały o sobie znać pierwsze objawy kryzysu wewnętrznego w zespole Romero. Warto tu nadmienić, że naczelnym hasłem studia i projektu było „design ponad wszystko”. W tym też celu do projektowania wynajęto ludzi naprawdę utalentowanych, jednak niemających praktycznie żadnego doświadczenia w pracy nad grami komputerowymi; byli wśród nich na przykład pracownicy Marvel Comics. Bardzo szybko okazało się, że brak doświadczenia to znacznie większy problem niż brak talentu. 
Artyści niemający pojęcia o drastycznych ograniczeniach, jakie narzucały ówczesne technologie renderowania obrazu w grach, tworzyli projekty z rozmachem, którego w żaden sposób nie potrafili później ogarnąć programiści i projektanci poziomów. Doskonałym przykładem może tu być historia słynnej strzały do jednego ze średniowiecznych leveli. Poproszony o model takowej, artysta dostarczył szczegółowo zaprojektowaną strzałę w rozdzielczości... 1300x960. Oczywiście nie można było mieć do niego pretensji, obraz był perfekcyjny i wypełniał cały 21-calowy monitor. Skąd bowiem człowiek zajmujący się dotychczas projektowaniem okładek do komiksów mógł wiedzieć, że w grze rzeczona strzała składać się będzie z zaledwie kilkunastu pikseli? 
Tego typu problemy pogłębiał fakt, iż każda z grup wywodziła się z innych środowisk twórczych i zawodowych, co znacznie utrudniało wzajemne zrozumienie i kontakty. Zespół Romero zamiast współpracować, zaczął dzielić się na rywalizujące ze sobą, zamknięte kasty. Co najgorsze, oddanie do użytku nowego luksusowego biura w żaden sposób nie pomogło ekipie pracującej nad grą. Wręcz przeciwnie, choć nie wpłynęło w żaden sposób na wzajemne relacje poszczególnych członków zespołu, to bardzo skutecznie utrudniło im pracę. Przyzwyczajeni do pracy w półmroku ludzie trafili nagle do wyjątkowo jasnych pomieszczeń z olbrzymimi oknami i przeszklonym sufitem. Szczególnie ten ostatni dał się wszystkim we znaki; podczas słonecznej pogody nie dość, że boksy pracowników zalewało wręcz oślepiające światło, to dodatkowo całe piętro nagrzewało się do horrendalnych temperatur. Sytuacji nie ratowała nawet klimatyzacja, ludzie w własnym zakresie musieli zasłaniać od góry swoje stanowiska pracy.
Wróćmy jednak do samej gry. Pod koniec 1997 roku studio przesuwa oficjalnie datę premiery gry ma marzec 1998, a ekipa wchodzi w posiadanie długo oczekiwanego kodu źródłowego silnika Quake II. Uśmiech na ustach Johna zamiera w chwili zapoznania się z jego pierwszymi linijkami – to zupełnie inny program! Cały bardzo ryzykowny plan wali się w gruzy, a ogłoszona niedawno nowa data premiery odjeżdża coraz dalej wraz z kolejnymi liniami kodu. Okazało się bowiem, iż nowy engine poza nazwą nie ma niemalże nic wspólnego ze znanym Romero silnikiem. On nie został podrasowany, lecz napisany nieomal od podstaw. Taka sytuacja oznacza tylko jedno – jedenaście miesięcy kodowania trzeba wyrzucić w błoto i rozpocząć prace prawie od zera.
Wewnętrzny wróg
Pojawienie się kolejnych problemów na pewno nie pomogło w rozwiązaniu i tak wciąż napiętej sytuacji w samym zespole. Niemniej ekipa przystąpiła po raz kolejny do pracy, startując po raz drugi z miejsca, w jakim była niecały rok temu. Choć w nerwowej atmosferze, zespół pracował na pełnych obrotach. Tymczasem zarówno jego członkowie, jak i śledzący losy studia i gry fani zaczęli zwracać uwagę na nieprzystające do sytuacji zachowanie Johna. Jak określił to obrazowo jeden z byłych współpracowników, „słuchał, KIEDY się do niego mówiło, ale nie słuchał tego, CO się mówiło”. Innymi słowy, wydawało się, że Romero stracił zainteresowanie i serce do swojego projektu. Wtedy właśnie – co potwierdzały kontrowersyjne wypowiedzi w wywiadach – zaczął być odbierany jako zapatrzony w siebie i pełen samouwielbienia playboy, który całe dnie spędza na rozbijaniu się luksusowymi samochodami i udziale w sieciowych deathmatchach. 
Mijają kolejne miesiące. Wciąż podzielony i niepotrafiący znaleźć wspólnego języka zespół stara się doprowadzić projekt do końca. John nadal wydaje się być bardziej zaabsorbowany swoimi nowymi pomysłami i sprawami biznesowymi niż grą, którą zaprojektował. Nastaje jesień, a projekt wciąż daleki jest od pełnej realizacji. W Internecie narastają plotki o kryzysie w Ion Storm i rychłym zamknięciu studia, które podgrzewa kompletna klapa opublikowanego latem Dominion. Eidos dementuje jednak złowieszcze przepowiednie, w oficjalnym oświadczeniu zapewniając, że Daikatana jest jednym z najbardziej priorytetowych tytułów w planie firmy i projekt ma się dobrze. Warto tutaj dodać, że był to okres, kiedy władze firmy wciąż wierzyły w wielki sukces gry i nadal darzyły kredytem zaufania Romero i jego ekipę. Kilka miesięcy później Eidos razem z władzami Ion Storm strzelił sobie w stopę. 
Ogłoszono bowiem publicznie i oficjalnie, iż na początku następnego roku – zostanie opublikowane demo multiplayer, w które będzie można grać za pośrednictwem serwisu Mplayer. Nie byłoby w tym nic dziwnego ani strasznego, gdyby nie fakt, że... główny programista dowiedział się o tym z prasy. Po prostu nikt z władz Eidosu ani studia nie raczył powiadomić wcześniej pracowników o podjęciu takiej decyzji. O jakiejkolwiek konsultacji nawet nie wspominając. To ostatecznie przelało czarę goryczy.
19 listopada 1998 roku niczego niespodziewający się John otrzymał nagle wezwanie do sali konferencyjnej. Idąc tam, czuł, że wydarzy się coś ważnego, jednak nie mógł spodziewać się tego, co miało miejsce na kilka minut przed południem. Cały zespół pracujący nad grą zebrał się jednym miejscu, po czym wezwano Romero tylko po to, by bez jakichkolwiek dyskusji czy dłuższych wyjaśnień zakomunikować mu, że właśnie został sam z rozgrzebanym projektem. Po krótkiej informacji o odejściu z pracy jego byli współpracownicy po prostu w milczeniu opuścili salę konferencyjną i budynek studia. John oniemiał i poczuł się szczerze dotknięty takim zachowaniem ludzi, z których wielu uważał za dobrych kolegów. Oczywiście takie zachowanie pracowników podkopało jednocześnie jego autorytet zarówno jako właściciela studia, jak i szefa projektu.
I jeszcze jeden, i jeszcze raz...
Na próżne żale nie było jednak czasu, należało jak najszybciej skompletować nowy zespół i przystąpić do dalszych prac. Tutaj z pomocą przyszli pracownicy, którzy niedawno zakończyli prace nad nieszczęsnym Dominionem. Choć część z nich miała wcześniej doświadczenia z grami FPS, to dał o sobie ponownie znać syndrom nowego silnika – kolejna ekipa musiała się uczyć wszystkiego od nowa. Dodatkowo napotkano na zupełnie inny problem, a mianowicie totalną – jak się okazało – niespójność koncepcji i zaimplementowanych już rozwiązań. Zbyt wiele osób na zbyt wiele różnych sposobów przygotowywało poszczególne elementy gry, łącznie ze zmianami w silniku. Była to nie lada łamigłówka, jednak, jak się wkrótce okazało, nowy zespół poradził sobie z zadaniem całkiem dobrze. Udało się nawet opanować największy problem, na jaki natrafiła pierwsza ekipa – SI i zachowanie towarzyszy bohatera. 
Na początku 1999 roku ukazuje się w darmowej lokalnej gazecie Observer "demaskatorski" artykuł o studiu, które zamieniło się "z miejsca, w którym rządziły pomysły, w toksyczny miks, w którym główne role odgrywają primadonny i kult osobowości". Wywołuje to dość ostrą reakcję Eidosu; jego ówczesny szef nie przebiera w słowach: "amknijcie gęby i pracujcie nad grą. Nie chcę widzieć waszych nazwisk w prasie". Tak też czyni ekipa, zabierając się w wyjątkowej ciszy medialnej do pracy. Wydaje się, że po latach bezowocnych zmagań wszystko jest wreszcie na dobrej drodze. Niejako przy okazji atmosferę psuje trochę nie kto inny, jak nasz główny bohater. John zakochuje się bowiem ze wzajemnością w przeniesionej przez niego samego na stanowisko projektanta poziomów Stevie Case, jedynej kobiecie, która regularnie spuszczała mu łomot na sieciowych turniejach. Nawiązują oczywiście romans, co oznacza po raz kolejny odsunięcie się Romero na bok. Tym razem jednak ekipa postanawia powalczyć. Stawiają Johnowi ultimatum – albo praca, albo romans. Wtedy jednak oni odchodzą. John niechętnie, ale przystopował.
W marcu ukazuje się zapowiedziane wcześniej demo multiplayer, które nie jest jednak zbyt satysfakcjonujące. Brak jakichkolwiek potworów sterowanych przez SI nie pozwala na zapoznanie się z ich zapowiadanym jako wyjątkowo realistyczne i inteligentne zachowaniem. Ekipa ma jednak na głowie coś znacznie ważniejszego. Po niezbyt udanym debiucie mają szansę pokazać wreszcie możliwości gry na kolejnych targach E3. Decyzja zapada szybko, rozpoczyna się produkcja wersji demonstracyjnej. Wszystko jest już niemalże dopięte na ostatni guzik, a wersja gotowa do prezentacji. Romero wyjeżdża do Los Angeles przygotować grunt pod pokaz, kiedy nagle podjęta zostaje decyzja o nagłym wprowadzeniu kilku zmian w projektach poziomów. Wszystko jest robione na ostatnią chwilę, jednak gra dojeżdża na czas na prezentację.
Jednak kompilowanie kodu za pięć dwunasta nie jest nigdy najlepszym pomysłem. Wersja demonstracyjna na najszybszych komputerach wyciąga zaledwie kilkanaście klatek. O wiele za mało, aby animacja była choćby zbliżona do płynnej. To już nie jest porażka, jak poprzednim razem – to kompromitacja. Eidos, który zainwestował w grę już kilkanaście milionów, nie ma jednak innego wyjścia. Ten tytuł po prostu musi się ukazać. Kolejne miesiące zmagań z oporną zero-jedynkową materią. Ostatecznie w kwietniu 2000 roku ma miejsce premiera gry. Choć jest to tytuł dość solidny i zapewniający zabawę na przyzwoitym poziomie, to jednak przyjęty zostaje przez branżę i graczy wyjątkowo chłodno. Rozdmuchana do granic możliwości kampania reklamowa, kontrowersje wokół jej powstawiania i wreszcie czas, jaki na to poświęcono, zrobiły swoje. Spodziewano się zapowiadanego cudu, niezwykłego objawienia w świecie gier, a otrzymano po prostu solidną strzelankę z kilkoma ciekawymi rozwiązaniami. Niestety, to nie wystarczyło.
