Tytułowa Sidonia to gigantyczny statek kosmiczny, który jest domem dla prawdopodobnie ostatnich żyjących ludzi. Cała ocalała populacja Ziemi została zmuszona ją opuścić ze względu na ataki tajemniczych stworzeń, które zostały nazwane Gauna. Pochodzenie oraz motywacje tych istot są dla ludzi nieznane.
Głównym bohaterem jest nastoletni Nagate Tanikaze, który przez całe życie mieszkał w ukryciu, z dala od reszty populacji Sidonii. Jego wychowaniem zajmował się dziadek, a dni spędzał przede wszystkim trenując na symulatorze Garde - mechów, które są główną metodą obrony przed atakami potworów. Po śmierci dziadka Nagate zmuszony był radzić sobie sam. Szybko jednak został przyłapany na próbie kradzieży jedzenia. Nie został za to ukarany, jednakże od tamtej pory żył już wraz z resztą mieszkańców Sidonii, a dzięki latom praktyki na symulatorze szybko również został wcielony w szeregi kadetów pilotujących Garde. Te umiejętności szybko stają się niezbędne, gdyż po prawie stu latach pokoju Gauna znów przypuszczają ataki na Sidonię.
Zarys fabuły nie wydaje się być szczególnie oryginalny, jednak ta konwencja została kreatywnie wykorzystana. Pokuszono się o wprowadzenie elementów "twardego" sci-fi - kosmiczne walki nie ignorują praw fizyki, przy manewrach brane są pod uwagę takie kwestie jak np. przeciążenie. Realizmu dodaje fakt, że nikt w zasadzie nie może czuć się bezpieczny - zagrożenie jest zawsze obecne, i nawet główni bohaterowie mogą zginąć w walce.
Oczywiście w wielu momentach elementy fantastyczne dominują nad naukowymi. Trudno brać zupełnie dosłownie np. fakt, że większość postaci w wyniku manipulacji genetycznych jest zdolnych do fotosyntezy. Zdarzają się również motywy wręcz mistyczne - jedyną bronią, która jest w stanie pokonać potwory są włócznie Kabizashi, których pochodzenia nikt nie jest w stanie wyjaśnić.
Oprócz głównego wątku wojny z Gauna obecna jest zawikłana intryga wśród dowództwa Sidonii oraz pilotów. Nic tutaj nie jest przypadkowe, począwszy od samego faktu, że nastolatek bez praktycznego doświadczenia szybko jest skierowany do czynnego udziału w walce. Warto tutaj również skontrastować Knights of Sidonia z innym popularnym w ostatnim czasie anime - Attack on Titan. W Attack on Titan też jest obecna intryga, jednak tam zagadki się piętrzą, mało który wątek zostaje wyjaśniony. Inaczej jest w Knights of Sidonia - tutaj fabuła jest poprowadzona sprawniej, powoli poznajemy tajemnice tego statku kosmicznego, ale równocześnie wiele faktów wciąż pozostaje nieznanych, co zachęca do oczekiwania na kolejny sezon.
Obecne są również wątki miłosne. W wielu przypadkach "telenowela" zdaje się zabierać zbyt wiele czasu ekranowego, działając na niekorzyść danego serialu. Na szczęście również w tym wypadku Knights of Sidonia wychodzi obronną ręką. Relacje osobiste Nagate nie przysłaniają głównego wątku, lecz skutecznie z nim współgrają.
Warto zwrócić szczególną uwagę również na warstwę wizualną. Współcześni animatorzy często wspomagają tradycyjne rysunki efektami cyfrowymi, w wielu wypadkach działa to jednak na niekorzyść, gdyż wprowadza niespójność i niepotrzebnie odwraca uwagę. Przy Knights of Sidonia jest jednak inaczej. Efekty komputerowe niezwykle płynnie łączą się z tradycyjnymi rysunkami, w niektórych momentach trudno jest poznać, że dana scena nie została stworzona przy użyciu tradycyjnych technik. Animacje komputerowe pozwalają również na bardziej dynamiczne, "przestrzenne" sceny walk w kosmosie.
Problemem wielu animacji jest chodzenie na skróty przez twórców - sceny są ponownie wykorzystywane, nadużywane są ujęcia, w których nie widać twarzy bohaterów, przez co nie ma konieczności rysowania ruchu ust, itd. Knights of Sidonia jest od tego praktycznie wolne - jedynie kapitan Kobayashi w większości scen pojawia się mając maskę na twarzy, jednak ten zabieg dobrze współgra z jej enigmatycznością, więc nie przeszkadza to w najmniejszym stopniu.
Pozytywnie również odznacza się odejście od sterylności. Budynki Sidonii wyglądają na nadgryzione zębem czasu, co jest zrozumiałe, biorąc pod uwagę, że ten statek przemierza galaktykę od setek lat. Podobnie zarówno mechy, jak i kombinezony pilotów noszą widoczne ślady użytkowania. Taka stylistyka wpisuje się w konwencję "brudnego" science-fiction znanego np. z filmowego Obcego czy serii gier Dead Space.
Dzięki fascynującemu projektowi Sidonii, intrygującej fabule oraz świetnej warstwie wizualnej Knights of Sidonia jest prawdopodobnie najciekawszą nową japońską animacją. Słowa Kojimy bynajmniej nie wydają się tu być przesadzone. Miejmy nadzieję, że drugi sezon, którego emisja w Japonii rozpocznie się w kwietniu, utrzyma wysoki poziom pierwszego.