Jeszcze nigdy losy tajnego agenta Jana Mortyra nie były przedstawione w tak realistyczny sposób. Pomimo, że Operacja Sztorm pozostaje dalej klasycznym arcade’owym shooterem, w grze zaimplementowano wiele elementów, które zbliżają dynamiczną walkę do prawdziwych zmagań wojennych. Jednym z nich jest system Covert Fire umożliwiający wykorzystywanie elementów otoczenia i ostrzeliwanie przeciwników z ukrycia.
Fabuła gry przenosi nas ponownie w czasy II wojny światowej. Tym razem naszym zadaniem nie będzie jednak walka partyzancka, choć wciąż będziemy musieli pozostawać w ukryciu i przedzierać się przez tereny opanowane przez wroga. Brytyjski Rząd postanowił bowiem zlikwidować trzech przywódców III Rzeszy. Szansa na to by dopaść Josepha Goebbelsa, Heinricha Himmlera i Hermana Goeringa jest bliska zeru. Dla żołnierza oznacza to, że jakaś szansa jednak istnieje...