W zasadzie trudno stworzyć dla potrzeb gry jeden uniwersalny schemat, według którego należy wznosić instalacje wojskowe tak, aby osiągnąć przewagę nad wrogiem. W trudniejszych misjach zaangażowane w niekończącą się wojnę frakcje walczą na lądzie, morzu i w powietrzu, co zmusza gracza do zachowania równowagi i inwestowania na przemian w Fabryki pojazdów lądowych, lotnictwa oraz w obiekty produkujące okręty. Jeśli bowiem nie zbuduje dostatecznie wcześnie na przykład Stoczni, a skoncentruje tylko na wojskach lądowych i powietrznych, może nagle okazać się, że wróg umocni się na morzu i będzie niweczył każdą późniejszą próbę wzniesienia tego obiektu. A tymczasem szydło wyjdzie z przysłowiowego worka i nagle gracz zda sobie sprawę, że aby ukończyć misję musi na przykład dotrzeć na wyspę, która ma silną obronę przeciwlotniczą. Cóż zrobi nie mając silnej floty? Pozostanie mu tylko rozłożyć ręce i zacząć misję od nowa.
Dodatkowym problemem jest fakt, iż przez cały czas należy utrzymywać odpowiedni poziom energii i dostawy masy, w przeciwnym bowiem razie budowa jednostek i instalacji może stanąć, co nie jest przyjemne. Jedyne wyjście to zatem stopniowe inwestowanie we wszystkie niezbędne instalacje i bardzo harmonijny, wszechstronny rozwój przyczółka. Baza nie musi być ściśnięta i zamknięta na małym obszarze. Jeśli pozwalają na to warunki terenowe, można podzielić ją na kilka sektorów – na przykład osobno budować fabryki wojsk naziemnych, a nieco dalej fabryki jednostek latających. Ma to znaczenie w przypadku nalotu lub ostrzału wroga, bo jeśli obiekty stoją bardzo blisko siebie, łatwiej je zniszczyć. Lepiej więc rozplanować instalacje i budowle na kilku hektarach i przydać im ochronę z działek i wieżyczek, niż narażać się na niepotrzebne straty. Należy też pamiętać, o odsunięciu budynków od morza. Dzięki temu okręty przeciwnika nie będą w stanie ostrzeliwywać fabryk i generatorów z powierzchni wody.Bardzo ważną rzeczą jest instalowanie w bazie instalacji obronnych – na pierwszym poziomie rozwoju technicznego wieżyczek i działek przeciwlotniczych, a potem generatorów tarcz ochronnych, wyrzutni rakiet i antyrakiet (w zależności od strony konfliktu). Na każdą fabrykę powinny przypadać minimalnie dwie wieżyczki obrony naziemnej i dwie przeciwlotniczej, a na każdą stocznię dwie stacjonarne wyrzutnie torped. Zasadniczo baza powinna bronić się sama, bez konieczności przeznaczania dodatkowych jednostek do walki z wrogiem. Dzięki temu wszystkie czołgi i samoloty będą mogły trafić od razu na pole bitwy i zostaną wykorzystane do zniszczenia nieprzyjaciela. Ogólny schemat rozwoju bazy wygląda mniej więcej tak. Najpierw powinny zostać zbudowane Ekstraktory i Generatory (po kilka obiektów). Potem Fabryki (kolejno: jednostek lądowych, morskich i powietrznych). Jako pierwsze maszyny należy wyprodukować kilku Inżynierów – aby rozbudowa bazy szła szybciej. Potem można ruszać z produkcją jednostek wojskowych, a w międzyczasie zbudować Kreatory masy (której zwykle na tym etapie brakuje), Zbiorniki Masy i Akumulatory Energii. Następnie (gdy mamy już kilkanaście jednostek bojowych) można zająć się budową wieżyczek obronnych. A jednocześnie warto wznieść więcej fabryk (na przykład po dwie z każdego rodzaju sił zbrojnych) i co drugą zacząć rozbudowywać tak, by osiągnęła kolejny poziom rozwoju technicznego i jak najszybciej zaczęła produkować nowe rodzaje jednostek.
Do bitwy! Gdy baza jest już na tyle rozbudowana, że jest w stanie bez przerwy dostarczać maszyny, statki i samoloty, czas na wystawienie armii. W Supreme Commanderze liczy się liczba i dobór odpowiednich oddziałów, więc nie ma sensu tworzenie oddziałów mniejszych niż 20-30 jednostek. Aby jednak maszyny nie zamieniły się w poskręcany złom, należy łączyć je w grupy, by poszczególne typy jednostek wspierały się wzajemnie. Jeśli idzie o wojska lądowe, warto tworzyć armie składające się ze średnich i ciężkich czołgów osłanianych przez jednostki artylerii przeciwlotniczej i zwykłą artylerię polową. Jeśli są już dostępne technologie drugiego i trzeciego poziomu powinniśmy dodawać do nich mobilne wyrzutnie rakiet. Takie grupy bojowe dysponują dużą siłą ognia, a czołgi osłaniają artylerię prowadzącą ogień na dystans i likwidującą z bezpiecznej odległości umocnione stanowiska, wieżyczki oraz oddziały wroga.
Ta sama uwaga dotyczy lotnictwa – jeśli nie masz przewagi w powietrzu, bombowce powinny korzystać z osłony myśliwców. Należy także pamiętać o tym, że te ostatnie są znacznie szybsze od maszyn dźwigających bomby, więc jeśli nie wyda im się rozkazu wsparcia bombowców, poprzestając na połączeniu ich w grupę, mogą pozostawić je w tyle w czasie drogi do celu. Także w przypadku marynarki wojennej ciężkie fregaty powinny być eskortowane przez szybkie kutry mogące walczyć z jednostkami powietrznymi wroga.
W czasie walki z wojskami wroga warto czasem (o ile pozwala na to sytuacja – na przykład zniszczono już obronę przeciwlotniczą) – skupić się na zaatakowaniu dowódcy, choć oznacza to poświęcenie wielu własnych jednostek. Czasami sytuacja taka ma miejsce, gdy uszkodzone zostaną ważne instalacje – dowódca wyrusza wówczas, aby je naprawić i może stać się łatwym łupem wroga. Zniszczenie bojowego robota wywołuje zwykle eksplozję jądrową, która obraca w perzynę wszystko dokoła i może zrujnować znaczną część bazy wroga.
A już jutro zapoznamy się z eksperymentalnymi jednostkami wszystkich trzech frakcji.